该博物馆由序厅和三个展厅组成，展陈内容包括历史图片、视频资料、文献资料、法律文件、实物模拟、各类模型、动画故事、新闻报道和学者论著等，并设有讲解员、馆长问答等互动环节，生动地展示了钓鱼岛主权属于中国的法律和历史依据。观众通过参观该博物馆，可以身临其境地感受钓鱼岛的地理环境，了解钓鱼岛问题的来龙去脉，进一步认识钓鱼岛是中国的固有领土这一无可争辩的事实。

中国钓鱼岛数字博物馆由福建师范大学钓鱼岛研究团队设计创建，目前先行开通了中文版，之后还将适时开通英、日、法等其他语种版本。